En el cultivo de cacao uno de los mayores problemas al que se enfrenta el productor cacaotero son las enfermedades, las cuales pueden ocasionar hasta un 80% de pérdidas en la producción de plantación. Entre las principales enfermedades están: Mazorca Negra (Phytophtora palmivora) Moniliasis (Moniliophtora roreri), la Escoba de Bruja (Crinipellis perniciosa) y el Mal del Machete (Ceratocystis fimbriata).