La cosecha del café debe efectuarse mediante un cuidadoso “pepiteo” o“desgrane”, recolectando solo los frutos maduros; de esta manera se protegen las yemas productivas que se mantienen latentes para las futuras floraciones y las yemas vegetativas que darán origen a las ramas secundarias y terciarias.

La recomendación técnica es solo cosechar y comercializar frutos maduros para asegurar una buena calidad del grano. La madurez de los frutos se los identifica por la coloración roja de las cerezas, por la consistencia suave del fruto y el fácil desprendimiento de su
pedúnculo.

La cosecha de frutos inmaduros o de granos verdes dificulta el proceso de beneficio, incrementa el número de granos partidos y altera el sabor de la bebida.

Por el contrario, la cosecha de café sobre maduro, frutos de un color rojo oscuro o negruzco, provoca infusiones con sabor a fruta agria, aumenta los sabores indeseables y favorece el ataque de hongos.

Una vez realizada la cosecha oportuna de la cerezas, debe evitarse su sobre exposición al sol, no amontonarlas debido a que el recalentamiento del café cereza causa una sobre fermentación, manchan el pergamino y deterioran la calidad de la bebida.

Las medidas apropiadas para tener éxito en el control de las plagas se fundamenta en la integración racional y oportuna de varias prácticas como el control legal, factor genético, control biológico, prácticas culturales (manejo de sombra, podas,  fertilización) y el uso de pesticidas.